無菌包裝包括包裝材料的殺菌滅菌處理、包裝內容物食品的無菌化處理以及包裝環境的無菌化處理。目前常用的包裝材料滅菌方法主要有藥物滅菌和紫外線滅菌等，可以說是食品包裝走向無菌化的兩大利器。
一、在藥物滅菌中所用的殺菌劑必須是殺菌能力強、對設備無腐蝕、在殺菌過程中不會產生有害物質且在包裝材料中殘留物少的藥物。
目前最常用的殺菌劑是過氧化氫，一般稱之為雙氧水。過氧化氫的殺菌能力是與其濃度和溫度相關的，濃度越高、溫度越高其殺菌的能力也越好。常用于殺菌的雙氧水濃度為25%到30%,溫度為60到65攝氏度。用過氧化氫殺菌應該結合加熱處理，因為過氧化氫受熱從材料表面蒸發時其殺菌效力會更好。
用雙氧水對包裝容器進行殺菌，是將包裝容器在雙氧水中浸漬或者直接將雙氧水噴射在包裝容器上進行殺菌，然后再對它們進行熱輻射從而使殘留在包裝容器上的雙氧水與熱空氣一起完全蒸發分解成無害的水蒸氣和氧。
二、一般而言，紫外線的滅菌效果與紫外線的波長、照射度以及照射時間相關，波長在250到360納米左右時作用最強烈。
紫外線的殺菌原理主要是，由于紫外線照射后微生物細胞內的核酸產生了化學反應，從而引起微生物的新陳代謝障礙，使其失去了增殖能力。紫外線殺菌是無菌包裝或清潔包裝較為有效的方法之一，它具有不殘留藥劑、安全性高、使用方法簡便、成本低等優點。但與雙氧水相比，它的殺菌效果不是很好，一般應與其他殺菌方法聯合使用。
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